Cuando se trata de un Pastor australiano, el lugar de origen de la raza es motivo de debate, pero las autoridades están de acuerdo en que no es Australia. Es probable que algunos llegaran al oeste americano donde los perros pastoreaban las ovejas australianas en el 1800 y de ahí hayan heredado su nombre.
Doble pelaje. El Pastor australiano tiene una capa doble; que consta de dos capas. La capa exterior está destinada a ser resistente a la intemperie mientras que la capa interior está destinada a proporcionar aislamiento. La doble capa se adaptó al clima de las montañas de los Pirineos donde supuestamente, se originó la raza.
La capa externa. La capa externa del Pastor australiano es de textura media, ni demasiado fuerte ni demasiado suave. Puede variar de forma lisa a ondulada pero debe ser de longitud moderada. La longitud del pelaje varía un poco en las diferentes partes del cuerpo. El Australian Shepherd Club of América establece que el pelaje sobre la cabeza, la parte de atrás de las orejas, la parte frontal de las patas delanteras y por debajo de la articulación de las patas traseras debe ser medio o corto. El pelaje del cuello es largo y forma un «collarín levantado» al igual que el de la parte posterior de las patas delanteras y de las patas traseras por encima de la articulación. Los machos suelen tener más peludos sustancialmente que las hembras. De acuerdo con los estándares del ASCA esta diferencia de tener mayor abundancia de pelaje es en parte lo que les da un aspecto más masculino.
La capa interna. La capa interna del Pastor australiano está formada por pelos más densos que los que tiene en la capa externa. La cantidad de pelo de la capa interna de cualquier ejemplar variará según el entorno en el que se encuentre. Es decir, un Pastor australiano criado en Dakota del Norte suele tener más pelo en la capa interna que un perro criado en Carolina del Norte.
Colores. El pelaje del Pastor australiano viene en cuatro colores: azul merle, rojo merle, negro sólido y marrón hígado sólido conocido también como rojo. Los perros de color azul merle son de un color gris que va de gris claro a oscuro con manchas negras. Los que tienen en pelaje de color rojo merle tienen un color rojo más claro en el fondo con manchas marrones más oscuras. Todos estos colores pueden tener manchas blancas pero no están obligados a tenerlas. De igual forma pueden tener marcas de color marrón rojizo sobre los ojos, en las mejillas y en las cuatro patas. Todos los demás colores son descalificados ya que son pruebas de mestizaje.
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