Los colores del Bóxer son relativamente simples. El American Kennel Club enumera dos colores, leonado y atigrado. Las marcas blancas son comunes y el blanco puede cubrir todo el cuerpo. Todos los individuos de pura raza tienen el hocico negro aunque este puede estar cubierto total o parcialmente por marcas blancas.
Leonado. Los bóxer de color leonado son de color entero que puede ir desde un bronceado ligero hasta un rojizo oscuro. A los que son de un color leonado oscuro en ocasiones se les dice que tienen color caoba o rojo, de hecho, en algunos países se utiliza el término rojo en lugar de leonado para describir el color. Los leonados más oscuros pueden tener algunos pelos negros entremezclados en su capa o los pelos de color leonado, esto puede crear pequeñas áreas negras en algunas partes del cuerpo, especialmente en los bordes de las orejas.
Atigrado. El otro color del Bóxer reconocido por el American Kennel Clubes el atigrado, que es el que tiene bandas negras en la capa de color cervatillo. Técnicamente hablando, todos los Bóxer son cervatillo- atigrado con bandas en lugar de tener un color real. Es mucho más fácil llamarlo atigrado, sin embargo han sido clasificados con estos dos colores desde hace un siglo aproximadamente. El Bóxer atigrado puede tener unas cuantas bandas en su cuerpo de color cervatillo que en ocasiones son llamadas «frindles». Hay individuos que tienen las rayas negras tan anchas que el American Kennel Club los describe como atigrados a la inversa ya que parece que tiene rayas de color cervatillo sobre una capa negra. El color cervatillo debe estar siempre visible aunque sólo sea en algunas áreas pequeñas del cuerpo.
Blanco. El blanco es otro patrón, aunque genéticamente todos los Bóxers blancos son leonados o atigrados por debajo de ese color. La cantidad de marcas blancas puede variar considerablemente, sin llegar a tener el 100 por ciento del cuerpo cubierto. Existen individuos que tienen marcas blancas que le cubren un tercio o menos del cuerpo y son llamados “vistosos”. Estas marcas se encuentran típicamente en las patas en forma de guantes, el cuello y la cara. Cuando la mayor parte del cuerpo es de color blanco, se dice que el perro es blanco, lo cual es técnicamente incorrecto, pero es más fácil llamarlos de esa manera. Los Bóxers blancos generalmente suelen tener manchas en las orejas o alrededor de los ojos y de vez en cuando en la parte posterior. El American Kennel Club proporciona códigos de registro tanto para los que tienen marcas blancas como para los que son blancos completos.
Los Bóxers blancos no son raros o inusuales y aunque no se tienen estadísticas oficiales, una estimación razonable es que alrededor del 20 por ciento de todos los boxeadores son de color blanco. Los perros que tienen más de un tercio de sus cuerpos cubiertos con color blanco están inhabilitados para participar en exposiciones caninas y se prohíbe reproducirlos. Los Bóxers blancos pueden participar en obediencia, agilidad, agrupar en manada, rallys y otras actividades.
Genética. La genética del color del pelaje del Bóxer es sencilla. El atigrado es dominante sobre el cervatillo, lo que significa que un perro que tiene un gen atigrado dará descendientes atigrados. Los modificadores del gen atigrado determinan la cantidad de bandas en un bóxer atigrado y un perro con dos genes atigrados puede o no tener más bandas que un perro con un gen atigrado. Las marcas blancas son causadas por un gen extremo y son co-dominante. Un perro con un gen blanco comúnmente será moteado mientras que uno con dos genes blancos será en su mayor parte o completamente blanco.
Negro. Un número cada vez mayor de criadores están vendiendo «Bóxers negros», los cuales en ocasiones son comercializados como «raros» y vendidos a precios altos. Desafortunadamente el color negro es genéticamente imposible en esta raza y la AKC no proporciona un código para el negro. La única manera de conseguir un ejemplar de color negro es cruzando un Bóxer con otra raza. Dado que el negro es dominante sobre el leonado y atigrado, no puede estar «oculto» y estará presente en varias generaciones, por lo que si el perro tiene un gen negro, tendrá un pelaje negro.
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